例えば、
Does this have cheese in it?
チーズは入っていますか？
Does this have cheese?もOKです。よく使われている表現ですね。
食材を除いて欲しい場合の言い方の一つは：
Please leave out the cheese (leave out=抜かす・除外する)
チーズを取り除いてください
直訳的なtake out the cheeseも普通に通じますね！
ご参考になれば幸いです。
Is there any XXX in the dish? Could I have the dish without XXX, please?
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが丁寧に回答されているので、ここでは他の一例を挙げておきますね！
『〇〇(食材)は入ってますか？〇〇を取り除いてください』は、例えば、
Is there any celery in the dish? Could I have the dish without it, please? として、
『その料理にセロリは入っていますか？セロリ無しでお願いできますか？』と言えます。北米のレストランは比較的色々な要望に応えてくれますので、こういったお願はよくあると思います。
想定される会話
Customer: Is there any celery in the dish?
Server: Yes.
Customer: Could I have the dish without it, please? I am allergic to celery.
Server: Certainly.
Customer: Thank you.
参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
日本 
