この場合、how ではなく why を使って言うと自然な言い方になります。
ーI wonder why she thinks like that.
「なぜ彼女はそのように思うのかな」
I wonder why she thinks so. でも間違いではないですが、私ならこのように言います。
ーI wonder why she feels like that about herself.
「なぜ彼女は自分のことをそんな風に思うのかな」
to feel like that で「そのように思う」とも言えます。
ご参考まで!