The experiment's preparation was completed with four samples.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、前後の文脈で言い方は様々ですが、この文章だけを英語にすると、例えば、
The experiment's preparation was completed with four samples.
となり、『4つのサンプルで』は、with four samples と言えます。
役に立ちそうな単語とフレーズ
with ~を使って
参考になれば幸いです。