この場合、次のような言い方ができますよ。
ーWhat did you use to write your notes in school?
「学校でノートを取るのに何を使いましたか?」
to write one's note で「ノートを取る」
例:
Kids in Japan use a pencil for the first few years of elementary school, but after that a lot of kids use mechanical pencils.
「日本の子どもたちは、小学校低学年の時は鉛筆を使いますが、それ以降はシャーペンを使います」
ご参考まで!