The court dismissed the claim that his superior instructed him to manipulate official documents and decided not to prosecute the superior.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
The court dismissed the claim that his superior instructed him to manipulate official documents and decided not to prosecute the superior.
とすると、『法廷は彼の[上司](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/33027/)が彼に改ざんを指示したという主張を認めず、上司を不起訴とした。』となります。
参考になれば幸いです。
The court did not recognize that there was an order to falsify the documents and decided not to prosecute the supervisor.
「法廷は改ざん指示があった事を認めず、上司を不起訴とした」を英語で伝えるなら、
The court did not recognize that there was an order to falsify the documents and decided not to prosecute the supervisor.
（裁判所は文書を改ざんする指示があったと認めず、上司を起訴しない（不起訴とする）決定を下しました。）
という表現が正確です。
「改ざんする」は英語で falsify を使い、「指示」は order や instruction と表現します。
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