申込用紙の性別の欄に記入漏れがありますって英語でなんて言うの？

「漏れ」という言葉は英語で言うと "leak" になってしまうので、

一般的にはお客さんに「申込用紙の性別の欄に記入しなかったのですが」と言います。

ですので、Sorry, you missed the gender section on your application form.

か、Sorry, you didn't fill in the gender section on your application form.

と最初に一回謝ってから言います。

1.申込用紙の性別欄の記入が抜けています
2.申し訳ありませんが、性別欄に記入漏れがあります

「記入漏れ」に直接訳せる単語はなく漏れている＝抜けている状態を表します
gender=性別
miss=抜かす・逃す・落とす
section=項目・欄
form=（申し込み）用紙
application=申し込用紙
applicationはいれても入れなくとも通じます

fill in=(用紙などを)記入する
なので
have not filled in=記入していません

missを使った表現の方が自然な感じがしますが、両方とも正解です
missを使うと「落としましたよ」というニュアンスで
ごく稀ですが、you have not filled in＝記入していない＝わざと記入しなかったのニュアンスととられるかもしれません