I'd like you to make sure all the necessary stuff is in the box.
「箱の中をきちんと確認する」というのは、「箱の中に何が入っているか確認する」ということかと思いますので、それを表現するのであれば、
make sure what's in the box
ということができます。
You have to make sure what's in the box.
「箱の中に何が入ってるのか確認してください。」
I'd like you to make sure all the necessary stuff is in the box.
「箱の中に必要なものすべてが入っているか確認していただきたいです。」
相手によっては、もっとカジュアルにI want you to make sure ~でもいいですね。
ご参考になれば幸いです。