確かに種ぬきしてないのも嫌だがもっと酷いところがあるって英語でなんて言うの？

種ぬきしていない = without the seeds removed; with seeds

I agree, but it's not just that =そうだね、でもそれだけじゃないんだよね

質問者さんの会話を訳すと:

A: This watermelon sucks
(このスイカ最悪だね)

B: Because it has seeds?
(種があるから？)

A: Yeah, I don't like that it has seeds, but it's not just that
(そうだね、種があるのも嫌いだけどそれだけじゃないんだ)

です。