A department is something between B department and C department.
「A学部は、B学部とC学部の間にあるものです。」という意味の文にしてみました。
学部は department もしくは faculty で表現します。
「〜学部と…学部の中間」は、between A and B(AとBの間)を用いれば良いかと思います。
something B department and C department で「B学部とC学部の間にあるもの」という意味にできますので、おっしゃりたい意味は伝わるかと思います。
お役に立てれば幸いです。