お荷物お入れしてますって英語でなんて言うの？

上記の I already put your luggage into your room でも大丈夫ですが、①の方がやや丁寧で自然です。already（すでに）があってもなくても意味合いがほとんど変わりませんので、入れるかどうかは質問者さん次第です。 二つ目の質問ですが、英語では決まり文句も「消臭対応」という概念もありませんので、we have deodorized your room が一番適切でしょう。

「お荷物はお部屋にお入れしてます」= We will take your luggage to your room. になります。 "I already put your luggage into your room. " の場合は，「すでに荷物をあなたの部屋に入れました」の意味になってしまうため，「already」と過去形(already put) を言わない方が良いです。 「お部屋は消臭対応してます」= Your room has been deodorized. ご参考までに