Some branches sell beer =店舗によってはビールが売られている
branch(es) =店舗
ほとんどの店舗で販売されている場合はmost branchesと言いましょう。
Beer is sold only in some branches =ビールが売られているのは数店舗だけだ
onlyを入れるとほとんどの店舗が売っていない、と言うニュアンスになります。
「一部の店舗ではビールを売っています」はこのように言います：
This beer is only sold at certain stores.
直訳にすると、「このビールは一部の店舗でしか売っていません」となります。
このbe only at certain storesというパターンは、ほかの商品やサービスを入れ替えて使うことができます。
例) This service is only (available) at certain stores.
「このサービスは一部の店舗でしか提供していません。」
この場合ならavailable（入手できる、得られる）を使うといいと思います。
アメリカ合衆国 
