I work late according to a pre-arranged shift system.
本来「シフト」はある時間帯を決めて働くので、それ自体は遅い時間でもあくまで正規時間内で（他の時間帯には働かない）、「残業」ではありません。
つまり「残業」と「シフト」は本来両立しないので、回答を２つ用意しました。
「シフト」を生かすなら「前もって決められたシフトに従って遅い時間に働く」という、
I work late according to a pre-arranged shift system.
になります。
もう１つは繁忙期などで、時間外にも働く（残業）ことが必要なので決められている、という場合のご質問であれば、shift を使わず「残業をするように前もって（in advance）指名された」という意味の
I was appointed to work overtime in advance.
になります。
【appoint 人 to 〜(動詞)】で、「（人）を〜するように指名する」という表現です。
日本 
