この取引はどの会計科目で処理しているのですか？って英語でなんて言うの？

普通のテキストの英語文法では「In」は文章の最初の方が正しいですが、その考え方は昔の文法学者が英語に強いました。会話的に「covered in」「discussed in」とかはよくネイティブが使っています。

「勘定科目」は"ledger account"です。

会計上の取引、という意味だと思いますので、この場合の取引は、transaction を使います。会計科目、勘定科目、は、account title ですね。
What account title do you use for this transaction?
(この取引には、どの勘定科目を使っているのですか？）

これでバッチリ