回答
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Which accounting course is this transaction covered in?
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In which accounting course is this transaction discussed?
普通のテキストの英語文法では「In」は文章の最初の方が正しいですが、その考え方は昔の文法学者が英語に強いました。会話的に「covered in」「discussed in」とかはよくネイティブが使っています。
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Which ledger account covered this transaction?
「勘定科目」は"ledger account"です。
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transaction
会計上の取引、という意味だと思いますので、この場合の取引は、transaction を使います。会計科目、勘定科目、は、account title ですね。
What account title do you use for this transaction?
(この取引には、どの勘定科目を使っているのですか?)
これでバッチリ