line up は「並ぶ」。
line 人/物 up なら「〜を並ばせる、並べる」です。
先生が子どもたちに言う場合は、
「全員並んで」= Everone line up!
となるでしょう。
なお、この文で line up は命令文で、Everyone は主語ではなく呼びかけなので、三単現の lines にはなりません。
レジで「並んでください」の場合は、お客様に対して line up はちょっと強い感じがするので、Stand in line. の方がいいと思います。そしてもちろん、please を付けますね。