There were two or three times where I wasn't feeling well.
not feeling well = 体調が悪い
「今は、特に問題ないけど、1〜2週間体調が悪い時期があり、しかもそれが2〜3回あった。」と言いたい場合は、I'm fine now, but there were two or three times where I wasn't feeling well for about 1 to 2 weeks. になります。
ちなみに「体調が悪い」をI'm not feeling goodと使うネイティブの方もいますが、こちらは文法的に間違っていて、正しくはI'm not feeling wellになります。
少しでもお役に立てれば幸いです。
ありがとうございました。