コンテナの中にサンプルがはいっていなかったって英語でなんて言うの？

そのまま"There is no sample attached in the container " のままで伝わりますよ。ただ細かいことを言って申し訳無いのですが、samples と複数形で使うなら、be動詞は are です。それと過去形を使った方がいいです。『入っていなかった』事実は過去形なので。