『(個人情報保護の観点から)そのような在籍確認の質問には申し訳ございませんがお答えができかねます』の文は、
For the reason of protection of personal data, we cannot answer any questions of enrollment check .
でいいと思います。
お役に立てたらうれしいです。
I was wondering if Mr ~ is employed at your company.
「◯◯さんはいますか?」というのは、「在籍確認」のことを考えると I was wondering if Mr ~ is employed at your company で言えばいいと思います。
「(個人情報保護の観点から)そのような在籍確認の質問には申し訳ございませんがお答えができかねます」は I'm sorry but in order to protect personal information, we can't answer questions concerning whether or not someone is employed at our company で言えます。
このような言い方は個人情報の保護に対して、西洋の国々で言われるフレーズになります。
参考になれば幸いです。