靴をシューズロッカーにそれぞれしまって下さいって英語でなんて言うの？

1) Please put your shoes into the shoe locker.
2) Please leave your shoes in the shoe locker.
「靴はシューロッカー（下駄箱）に入れてください。」

これでまず通じると思いますが、「個々に」を強調する場合は、

into/in the individual shoe lockerとしても良いかと思います。

separatelyなどは、初めての温泉にドキドキしている旅行者は「日本では、片方ずつ入れるのか？」と勘違いしてしまうかもしれません。

ご参照有難うございました！

靴- shoes
シューズロッカー - shoes locker, locker
この場合靴用のロッカーのことがわかるから“shoes”はいらないです。

しまってください
Please put them away
Put them in〜〜

靴をシューズロッカーにそれぞれしまってください
Please put your shoes into the locker