Please leave your shoes in the individual shoe locker.
1) Please put your shoes into the shoe locker.
2) Please leave your shoes in the shoe locker.
「靴はシューロッカー（下駄箱）に入れてください。」
これでまず通じると思いますが、「個々に」を強調する場合は、
into/in the individual shoe lockerとしても良いかと思います。
separatelyなどは、初めての温泉にドキドキしている旅行者は「日本では、片方ずつ入れるのか？」と勘違いしてしまうかもしれません。
ご参照有難うございました！
靴- shoes
シューズロッカー - shoes locker, locker
この場合靴用のロッカーのことがわかるから“shoes”はいらないです。
しまってください
Please put them away
Put them in〜〜
靴をシューズロッカーにそれぞれしまってください
Please put your shoes into the locker
ニュージーランド 
イギリス 
