Why is the delivery date shown as the day before yesterday?
Why is the delivery date, which should be today, the day before yesterday?
納入日は delivery date です。
次に、「〜の日付を記入したのですか?」という文ですが、現実にそのように示されているのを見ている状況なので、「記入したのか?」という動作よりもそのよう「である」という状態について尋ねる文がいいと思います。
そこで、
Why is the delivery date the day before yesterday?
(どうして納入日が一昨日なのですか?)
Why is the delivery date shown as the day before yesterday?
(どうして納入日が一昨日となっているのですか?)
といった文になります。
あるいは「今日のはず(should be today)なのに」ということを入れて、
Why is the delivery date, which should be today, the day before yesterday?
といった形の質問になります。