kyokoさんは「筋肉」と書きませんでしたが、もちろんマッサージをする所は筋肉で、そういうのは自然だと思いました。
その他の表現は:
-- I'll focus/concentrate on the areas with the most fatigue.
(「fatigue」の発音は「ファティーグ」みたいです。「疲れ」という意味です。)
-- I'll focus on your lower back.
-- I'll work on (massage) your lower back for an extended period.
I'll spend a lot of time on your lower back.