「種目」は event を使います。
通常使う event の意味とは違いますが、競技における「種目」の意味があります。
器械体操は gymnastics
一番得意は、good at〜（〜が得意で）の最上級 best at なので、
「器械体操で一番得意な種目はなんですか？」は
Which event of gymnastics are you best at?
となります。
体操の種目は「event」って呼ばれています。イベントは機器ごとで分けているですが、「event」を「apparatus」より聞いたほうが自然だと思います。
得意な体操種目は何ですか？
What event is your specialty for gymnastics?
体操の特技は何ですか？
What is your specialty for gymnastics?
体操の得意機器は何ですか？
What gymnastics apparatus are you best at?
日本 
アメリカ合衆国 
