指定された構成では仕様通りに機能しないことがありますって英語でなんて言うの?
海外に限らず、顧客は絶対無理という条件を指定し物を作らせようとします。
そんな場合に資料に追記するための文章です。
回答
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For the configuration you have specified, it may not function as intended
この場合はこのように表現できます。「指定された構成」=「the configuration you have specified」、「では」=「for」、「仕様通りに」=「as intended」、「機能しないことがあります」=「may not function」