Sat in a swaying seat at the back of a bus on the way to school, I was deep in thought.
この文脈でこのようにも翻訳できると思います、「学校へ行く」=「on the way to school」、「バスの後部座席」=「at the back of a bus」、「で揺られながら」=「Sat in a swaying seat」、「1人で考えた」=「I was deep in thought」(何かに夢中になったというニュアンスがあります)、ということでこの文章を提案しました