”Is it ok there is "in"?" は文として不完全なので、これを活かすなら
”Is it ok if there is "in"?"
と、接続詞 if が必要です。
ただ、これでも少しわかりにくいので、”in" だけではなく、preposition "in"（前置詞「in」）という方がいいでしょう。
私の回答は、
Can a preposition "in" be used here?（前置詞「in」がここで使えますか？）
というもので、より具体的に感じられるのではないでしょうか？
・Is it okay if "in" is there?
「そこに "in" があっても大丈夫ですか？」
Is it okay if ...（〜でも大丈夫ですか？）の形を使うのがナチュラルで簡単です。
・Is it okay to put "in" there?
「そこに "in" を入れても大丈夫ですか？」
put（置く、入れる）を使って「そこに〇〇を入れても平気か」と聞く表現もよく使われます。
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