Do you want me to make payment today, or do you bill me later?
Do you want me to make payment today?
（支払いは今日するのですか？）
Do you bill me later?
（後日私に請求するのですか？）
この２つを or でつなげばいいです。
なお、Do you want me to 〜? は文字通りには「私に〜してほしいか？」ですが、
「〜しましょうか？」
という時に使うことが多い表現です。
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