「お疲れ様でした」は英語で該当する表現がありません。Welcome back はよく使います。Good job は仕事がちゃんとできて、お疲れ様でしたと言いたい時に使いますが「駐在」のことは good jobと言えません。
そして、Welcome back をベースにしてから after three years abroad (三年間海外駐在した）をつけます。それはいい挨拶のメッセージだと思います。
Thank you for all your hard work over the past three years on your overseas assignment.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Thank you for all your hard work over the past three years on your overseas assignment.
とすると、「3年間の海外[駐在](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/124689/)お疲れ様でした。」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
hard work 努力 苦労
overseas assignment 海外駐在
参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
日本 
