Don't put all the cookies at a time. Your mouth is full.
Eat them one by one. Your mouth is full.
「一つずつ」は、one by one ですので、そのまま、
Eat them one by one.(themはクッキーのこと)と言ってもいいですし、1番目の文のように、
Don't put all the cookies at a time.
(クッキー、一度に全部入れないの!)と言ってもいいですね。
「お口いっぱいになるよ」は
もう既になっているということでしょうから
Your mouth is full.
でいいでしょう。
(full は「いっぱい」ですので、「お腹がいっぱい」は、I'm full. と言います)
「一つずつね。お口いっぱいになるよ。」と言いたいときは、「One at a time. Your mouth will get too full.」が適しています。
「One at a time」: 「一つずつ」という意味で、物事を順序よく進めるときに使います。
「Your mouth will get too full」: 「あなたの口がいっぱいになっちゃうよ」という意味で、食べ物を急いで口に入れすぎないように注意を促します。