Those = それは
were = だった
actually = 実は
really = とても
important = 重要
documents = 書類
「実は、それはとても重要だった」という意味です。
相手は多分その書類の重要さを知らないから捨てたので、直接「それはとても重要だったもの」と伝えた方がいいよ思います。
さらに、
Please don't just randomly throw out documents.
「適当に書類を捨てないでください」
Please ask me before throwing things out in future.
「今度は私に聞いてから捨ててください」
みたいなちょっとイラっとしてる発言したら相手も自分のミスをわかってくれるでしょう
言葉だけじゃなくてアクションで重要さを示せばいいと思います!