Thank you for working so lateや、Thank you for working so late in the eveningについてはそのまま、遅くまで働いてくれてありがとうという意味合いになります。
Thank you for your hard workは、遅くまで働いている＝一生懸命働いてくれてといういみであなたの一生懸命な働きに感謝します、という意味合いになります。
遅くまでありがとう部下に声をかける時であれば、どちらを使ってもいいと思います。
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーThank you for staying late to work.
「遅くまで残って仕事してくれてありがとう」
to stay late で「遅くまで残る」
ーThank you for hanging in there so long today.
「今日は長時間頑張ってくれてありがとう」＝「長い時間仕事を頑張ってくれてありがとう」
ご参考まで！
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