Are you asking which Japanese city is my favorite?
Do you mean which Japanese city is my favorite?
こんにちは。質問ありがとうございます。
Which Japanese city is my favorite → 私が日本の市の中でどれが一番好きか
Are you askingを最初につけた質問は、「~という質問ですか」や「~を聞いているんですか」という意味です。
Do you mean で始めると、「~という事ですか」という意味になります。
どちらも同じような意味なので、どっちを使ってもいいです。
またの質問をお待ちしています。