We're busy at different times, so it's difficult to co-ordinate our days off.
いつ忙しいかが違う we are busy at different times (英語で必要な主語 we を入ったまま)
から so
休み days off (直訳すると「仕事がない日」)
合わせる co-ordinate
難しい difficult
この場合で「合わせる」は co-ordinate にすればいいと思います。
これが時間的に予定を合わせることに対して、よく使われている言い方となります。
例文 It's difficult to co-ordinate our schedules, because we work at different times.
「違う時間帯で働いているので、予定を合わせるのは難しいです。
参考になれば幸いです。