こんにちは。
下記のような言い方ができます。
（出来ないと思ったけど、できた場合）
・I didn't think you could do it.
「できるとは思ってなかったよ」
（出来ないと思っていて、実際出来なかった場合）
・I thought you wouldn't be able to do it.
「君には出来ないと思っていたよ」
ぜひ参考にしてください。
I didn’t think you could do it.
I thought you wouldn’t be able to do it.
I honestly didn’t expect you to pull it off.
「出来ないだろうと思った」は英語では "didn’t think you could" や "thought you wouldn’t be able to" を使うと自然です。
"I didn’t think you could do it."
「あなたにできるとは思わなかった。」
アメリカ合衆国 
