Is there a particular reason you chose that number?
英訳1：究極にシンプルな言い方はこれ！「なんでその番号？」で伝わります。
英訳２：「〜 の理由は何？」というニュアンスで、Do you have a reason for 〜 ? という形もOKです。
英訳3：さらに突っ込んで、「〜 の何か特別な理由でもあったの？」と言うには、particular「特定な」という形容詞を添えることもできます。specific に近いです。
現在の選択について聞くとき、why do you...？から質問を始めます。
なので、「なぜその番号を使ってるの？」と聞きたい場合は、why do you use that number?になります。
過去の選択について聞くとき、はwhy did you...?から質問を始めます。
「なぜその番号を選んだの？」と聞きたい場合は、why did you choose that number?になります。
是非参考にしてみて下さい。
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