中 - inside, in, in the middle
中に入っている - inside
誰 - who
Who is in there?
Who's inside?
トイレの中に入っているのは誰?
Who is in the toilet?
誰も入ってないよ
There's nobody inside
こんにちは。
ご質問者様の Who is inside? でも問題なく通じるかと思います。
他には例えば下記のような言い方はいかがでしょうか:
・Do you know who's in there?
「中に誰がいるのか知っていますか?」
who's は who is を省略したものです。
ぜひ参考にしてください。