中に入っているのは誰？って英語でなんて言うの？

中 - inside, in, in the middle
中に入っている - inside
誰 - who

Who is in there?
Who's inside?

トイレの中に入っているのは誰？
Who is in the toilet?
誰も入ってないよ
There's nobody inside

こんにちは。
ご質問者様の Who is inside? でも問題なく通じるかと思います。

他には例えば下記のような言い方はいかがでしょうか：

・Do you know who's in there?
「中に誰がいるのか知っていますか？」

who's は who is を省略したものです。
ぜひ参考にしてください。