It's not as if there aren't issues/problems.
問題がないわけではありません
これは直訳です。英語では二重否定は使えないわけではありませんが、端的に話すのが良いと思う方は多いと思います。でも、ビジネス上は状況によって違います。
直接に言うならこんな感じです：
There are, in fact, issues with this.
実は問題があります
このような言い方が良いと思います：
I agree but it's not as if this solution is perfect.
私は賛成しますが、この解決は完璧なわけではありません。（解決には問題が無いわけではない）
アイルランド 
