ブラックボックス化 とは "black-boxification" と言いますが、これは正しい英語ではなく、ただ "black box" に "-ification"[=化」を付けて生み出された言葉です。
インタネットで調べたら、使われていたことがありますがとても珍しいです。
でも、"black box" の意味を知っている方は絶対わかるわけです。
もう一つの言い方:"to obscure" は「(何かを)不明にする」と言う意味で、使えると思います。
the black-boxification of an operation
運用のブラックボックス化
the obscuring of an operation
運用の不明化