あなたの努力が実ってよかったです。お疲れ様でした　って英語でなんて言うの？

... が実る: bear fruit.
あなたの努力が身を結んで良かったよ！
よくやったね！

「お疲れ様でした」のように、業務のプロセスをねぎらうフレーズよりも、Great Job! You did great work! のように業務の成果を誉め称えることのほうが英語では多いように思います。

「pay off」はイディオムですが、二つの意味があります。
「完済する」と「利益を生む」ですね。