"What color is an apple?"と"What color are apples?"の両方とも使えると思います。
"What color are apples?"の場合ですが、リンゴの種類によって色が違うので、この質問だとその可能である色を全て答えなければいけない、と解釈される場合もあると思います。
"What color is an apple?"と言えば、ある一個のリンゴの色だけ答えれば良いので、"red"や"green"と一言の答えが返ってくると思います。
What colour is an apple は使えなくもないですが
この場合はリンゴを主張してるので the を使った方が
良いです。
リンゴが一つだと apple で複数だとapples と言います。
色 は color と colour があります。
前者はアメリカ英語のつづりで後者はイギリス英語のつづりです。
アメリカ合衆国 
日本 
