少し難しい文章ですが 分かってなかった、彼女を何から守る必要が
あるのか と言った感じに構成すると少し分かりやすいかもしれません。
分かってなかった は I didn't know で良いです。
この場合何かが分からないので what と続けます。
自分が彼女を守る必要がある で I needed to protect her と表現します。
何から の から は 最後の from で閉めます。
彼女を○○から守る必要があるのか で I needed to protect her from _ _
と考えるのも良いでしょう。
小説の説明する際は I の部分を he に変えると良いです。