"Did you understand" とは「～は理解しましたか？」という意味です。何か確認したいとき、これを聞けます。
そして、"what" とは「どのような」を表します。その次、"documents" を書いてますので、「どのような書類」と翻訳します。
最後に "are necessary" は「必要」を指します。
したがって、"Did you understand what documents are necessary?" 「どのような書類が必要かを理解しましたか？」
その上、「書類を準備出来ているか確認したい。」を翻訳したい場合、"I want to confirm whether you've been able to prepare the documents"になります。
・Do you know what documents are required?
「どの（どんな）必要な書類があるか分かりましたか？」
「必要な書類が何か」をちゃんと把握できているかを確認する定番フレーズです。
・Are you clear on what documents you need?
「必要な書類についてしっかり分かっていますか（クリアになっていますか）？」
be clear on 〜（〜について明確に理解している）を使った表現です。
アメリカ合衆国 
