We are allowed to have pets in our apartment (building), but it comes with some problems/issues.
Although having pets is permitted by the rules of our apartment building, it entails/involves some problems.
マンションの規則で、ペット共生が認められているのですが、問題もあります は、
We are allowed to have pets in our apartment (building), but it comes with some problems/issues.
Although having pets is permitted by the rules of our apartment building, it entails/involves some problems.
(例文1のほうがカジュアル・例文2はフォーマルです)
許される be allowed・ be permitted
問題がある(問題を含む)
entail certain problems (entail はinvolveでも可)
(certainは、わかっていても、はっきり言わない時に使います。意味的にはsome と同じです)
あるいは
come with some problem (come with で『~が付いてくる』)
問題はissue でもよいですが、problemの方が『困った問題』という感じがはっきりします。
なお、apartment は 各人のマンション、apartment building はマンション全体のビルのことです。
(apartment は、もともとapart(分けられた)ものという意味ですので、マンションでもアパートでも、賃貸でも分譲でも、一戸建て以外、全て指します。)