この場合の「相性がいい」とは、「一緒に使える」「一緒に使うといい」「一緒によく使われる」などの意味ですね。
英訳1：Are these two words often used together? で、「この2単語は、よく一緒に使われますか？」となり、「相性がいい」とか（文として）「しっくりいく」といったニュアンスが伝わります。
英訳2：go together は「一緒に行く」ではなく、「調和する」や「相伴う」「つり合う」などの意味を持つイディオムです。よく使う表現なので、覚えておくと便利です。These colors go together well.「配色がいいね」などの使い方ができます。
おっしゃられている内容は以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
例）
Is it OK to use these two words together?
「これらの単語は一緒に使っても良いのですか？」
Do these words collocate well with each other?
「これらの単語はよくコロケーションするのですか？」
collocateとは「連語を成す」という意味です。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
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