私の最寄りの空港からは直行便がないため、Aに行くためにはBで乗り換えなければ行けません。と言いたいです。
My nearest airport doesn't have direct flight to A,so I gotta transfer in Bで合ってますか?
My nearest airport doesn't have direct flight to A,so I gotta transfer in Bはほぼ完璧ですね!ですので直したのは細かいことだけです。My nearest airportは通じますが、The airport nearest to meやthe closest airport to meの方が自然ですね。また、direct flightの前にaをつけますね。transfer in Bじゃなくtransfer at Bと言います。
ご参考になれば幸いです。