Once the train arrives at that station, there are times when the bus leaves about one minute later. The train and the bus schedules don't match up well, so it's inconvenient.
直訳的にthe bus times don't fit wellを言うとちょっとわかりにくいですね。英語でその意味を伝えたい時に「the bus schedule is inconvenient for me」(バスの発車時間・スケジュールは私にとって不便です。)と言います。
Once the train arrives at that station
電車がその駅についてから、
there are times when the bus leaves about one minute later.
バスが発車するまで一分くらいしかない時もあるんです。
The train and the bus schedules don't match up well, so it's inconvenient.
電車とバスの時間がうまく合っていなくて不便です。
don't match upの代わりにdon't fit togetherなどもOKですね。
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
