「この店にはCDがない・売っていない」は次のように言うと自然です。
ーThey don't have any CDs here.
ーThey don't sell any CDs at this store.
ここでなぜ主語が they になるのかと言うと、通常お店には複数の人が働いているからです。
もしオーナーが1人ですべてを切り盛りしているようなお店なら、
He/She doesn't have any CDs here.
のように言うことも出来ます。
ご参考まで!
・They don't have the CD in this store.
「この店には(店の人たちは)CDを置いていない。」
また、they を使わずに店そのものを主語にして、以下のようにシンプルに表現することもできます。
・This store doesn't have the CD.
「この店にはCDがない。」
・The CD is out of stock here.
「そのCDはここでは売り切れ(在庫切れ)です。」