「早く机の上を片付けなさい」は英語で「Quickly clean your desk, please」または「Please clean your desk quickly」という意味があります。これは命令ですが強くありません。
「Can you please quickly clean your desk？」という表現も良いと思います。
「Clean」より「Clear」も使っていいと思います。アメリカには「Clear your desk」というフレーズが自然だと思います。
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
Hurry up and clean/clear your desk.
急いで机の上を片付けなさい。
clean は「掃除する」、clear は「片付ける」のようなイメージです。
hurry up で「急いで」と言えます。
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
