Most things become stories you can laugh at over time.
Most things become stories (that) you can laugh at over time.
laugh at~は「〜を笑う」です。この文はstoriesをthat節で後ろから修飾している形になります。
When you're in the midst of things, you can't really see the big picture. You might run around in confusion, but years later most things become stories you can laugh at.
物事の中にいるときは全体像(big pictureで大きな絵、つまり全体像となります)が見えない。
混乱して走り回っているかもしれないけれど、数年後には、ほとんどが笑うことのできる話になる。
右往左往のところは「run around in confusion: 混乱して走り回る」としました。
参考になれば幸いです。