僕には小さな子供がいるので、これすごく分かります!
「なんか食べてる?」は 「Is he (she) eating something?」でよいと思います。「なんも食べてないね。」は「No, he(she) isn't.」ですね。でも、「I guess not.」(違ったみたい。)なんて言っても良いでしょう。
「Did he (she) put something in his mouth?」のように、「口に何か入れた?」と言い換えても同じことが通じます。
"Huh? Are they eating something?! Seems like they're not eating anything."
「ん!?なんか食べてる!??」は "Huh? Are they eating something?!"と表現でき、「なんも食べてないね」は "Seems like they're not eating anything."と言います。
したがって、全体を英語に訳すと "Huh? Are they eating something?! Seems like they're not eating anything."となります。
この表現は、赤ちゃんが何か口に入れているのか誤解し、確認したところ何も食べていなかったという状況に対応します。